菌袋在室內(nèi)培養(yǎng)期間要翻堆4～5次，第1次在接種后6～7天，以后每隔7～10天翻堆一次。翻袋時認真檢查雜菌，及時處理。 輕度污染只在菌袋扎口處或褶皺處出現(xiàn)零星點狀或絲狀的雜菌小菌落，沒有蔓延的可用注射針筒吸取75%的酒精50毫升配加36%的甲醛30毫升的混合液，注射受害處，并用手指輕輕按摩表面，使藥液浸入雜菌體內(nèi)，然后用膠布粘住注射口。
接種穴污染雜菌侵入接種穴，而菌絲還處于生長階段，對香菇菌絲生長影響不太大的菌袋，可先用5%～10%的石灰水上清液，后用50%多菌靈溶液抹涂患處，但要避免涂到香菇菌絲。如發(fā)現(xiàn)死菌的，應在無菌條件下重新接種。 嚴重污染菌袋基本遍布雜菌花斑點，應采取破袋取料，拌以3%的石灰溶液悶堆一夜，攤開后曬干，重新配料，裝袋滅菌，再接種培養(yǎng)。
